Siekiant apsaugoti nykstančias mažąsias žuvėdras ir sudaryti sąlygas joms sėkmingai išperėti ir užauginti jauniklius, kasmet nuo gegužės 20 d. iki rugpjūčio 1 d. aplinkos ministro įsakymu žmonėms draudžiama lankytis keturiose pagrindinėse šių paukščių perimvietėse. Jos yra Nemune, Jurbarko ir Šakių rajonuose: ties Greičiais ir Sudargu, ties Kidulių kaimu, ties Rotulių kaimu ir žemiau Mituvos žiočių. Lankytojų patogumui pernai mažųjų žuvėdrų perimviečių prieigose buvo įrengti informaciniai stendai.
Mažosios žuvėdros kiaušinius deda duobutėse ant smėlio, bet dažnai jų dėtys žūsta netikėtai patvinus Nemunui, pavyzdžiui, po didesnių liūčių, kai lizdai tiesiog nuplaunami. Ne mažiau pavojingos ir sausros, kai, saloms susijungus su krantu, perimvietes lengvai gali pasiekti plėšrieji gyvūnai.
Pastaraisiais metais vis daugiau grėsmės ėmė kelti, pasak Aplinkos ministerijos Gamtos apsaugos ir miškų departamento Saugomų teritorijų ir kraštovaizdžio skyriaus vedėjo pavaduotojo Tomo Tukačiausko,salelėse, kur peri mažosios žuvėdros, besilankantys žvejai ir poilsiautojai. Jie, dažnai patys to nepastebėdami, sutrypia kiaušinius, dėl jų žūsta jaunikliai. Suaugę paukščiai, bijodami salose besilankančių žmonių, nebeatskrenda pamaitinti savo vaikų. Per pastaruosius metus perinčių mažųjų žuvėdrų porų Nemuno salose tarp Kulautuvos ir Smalininkų, Panemunių regioninio parko direkcijos ir Edukologijos universiteto mokslininkų stebėjimų duomenimis, sumažėjo apie 30 proc.
Mažoji žuvėdra nuo 1976 m. įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą. Šis paukštis saugomas ir pagal Berno, Bonos konvencijų ir Paukščių direktyvos nuostatas. Lietuvoje dabar yra tik apie du tris šimtus mažųjų žuvėdrų porų.
Šis paukštis beveik perpus mažesnis už upinę žuvėdrą. Minta daugiausia smulkiomis žuvelėmis, rečiau vėžiagyviais, vabzdžių lervomis. Mėgsta atokius smėlėtus ar žvyru, kriauklelėmis padengtus vandens telkinių krantus ir salas. Peri birželio mėnesį. Grunte iškastoje duobutėje deda du-tris pilkšvos spalvos kiaušinius su juodomis dėmelėmis.